MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Leuconostoc citreum KM20 plasmid pLCK3

Total Repeats: 301

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010467	TGAA	2	8	325	332	50 %	25 %	25 %	0 %	170016274
2	NC_010467	ATA	2	6	358	363	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170016274
3	NC_010467	T	7	7	494	500	0 %	100 %	0 %	0 %	170016274
4	NC_010467	CAA	2	6	515	520	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170016274
5	NC_010467	AAG	2	6	535	540	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170016274
6	NC_010467	A	6	6	547	552	100 %	0 %	0 %	0 %	170016274
7	NC_010467	T	7	7	566	572	0 %	100 %	0 %	0 %	170016274
8	NC_010467	A	6	6	579	584	100 %	0 %	0 %	0 %	170016274
9	NC_010467	TTA	2	6	607	612	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170016274
10	NC_010467	CTTA	2	8	691	698	25 %	50 %	0 %	25 %	170016274
11	NC_010467	AAT	2	6	711	716	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170016274
12	NC_010467	ACA	2	6	722	727	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170016274
13	NC_010467	CAAT	2	8	800	807	50 %	25 %	0 %	25 %	170016274
14	NC_010467	GA	3	6	836	841	50 %	0 %	50 %	0 %	170016274
15	NC_010467	TGA	2	6	911	916	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170016274
16	NC_010467	A	6	6	940	945	100 %	0 %	0 %	0 %	170016274
17	NC_010467	TGAA	2	8	952	959	50 %	25 %	25 %	0 %	170016274
18	NC_010467	AC	3	6	980	985	50 %	0 %	0 %	50 %	170016274
19	NC_010467	A	6	6	1014	1019	100 %	0 %	0 %	0 %	170016274
20	NC_010467	GAT	2	6	1071	1076	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170016274
21	NC_010467	GAT	2	6	1092	1097	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170016274
22	NC_010467	AAG	2	6	1126	1131	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170016274
23	NC_010467	TAT	2	6	1201	1206	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170016274
24	NC_010467	A	7	7	1227	1233	100 %	0 %	0 %	0 %	170016274
25	NC_010467	AT	3	6	1322	1327	50 %	50 %	0 %	0 %	170016274
26	NC_010467	A	6	6	1352	1357	100 %	0 %	0 %	0 %	170016274
27	NC_010467	A	6	6	1377	1382	100 %	0 %	0 %	0 %	170016274
28	NC_010467	TGA	2	6	1464	1469	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170016275
29	NC_010467	AAGC	2	8	1483	1490	50 %	0 %	25 %	25 %	170016275
30	NC_010467	TCAA	2	8	1519	1526	50 %	25 %	0 %	25 %	170016275
31	NC_010467	A	7	7	1545	1551	100 %	0 %	0 %	0 %	170016275
32	NC_010467	GAC	2	6	1651	1656	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170016275
33	NC_010467	A	6	6	1660	1665	100 %	0 %	0 %	0 %	170016275
34	NC_010467	AAAG	2	8	1731	1738	75 %	0 %	25 %	0 %	170016275
35	NC_010467	CAA	2	6	1762	1767	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170016275
36	NC_010467	A	6	6	1786	1791	100 %	0 %	0 %	0 %	170016275
37	NC_010467	AGA	2	6	1797	1802	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170016275
38	NC_010467	TAA	2	6	1872	1877	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170016275
39	NC_010467	AGA	2	6	1890	1895	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170016275
40	NC_010467	ATC	2	6	1901	1906	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170016275
41	NC_010467	TCTAAA	2	12	1915	1926	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	170016275
42	NC_010467	GTG	2	6	1929	1934	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	170016275
43	NC_010467	TAAA	2	8	1944	1951	75 %	25 %	0 %	0 %	170016275
44	NC_010467	TGA	2	6	2176	2181	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170016276
45	NC_010467	TAT	2	6	2248	2253	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170016276
46	NC_010467	AAT	2	6	2258	2263	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170016276
47	NC_010467	GCT	2	6	2264	2269	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170016276
48	NC_010467	CTG	2	6	2343	2348	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170016276
49	NC_010467	CTT	2	6	2370	2375	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170016276
50	NC_010467	TAT	2	6	2432	2437	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170016276
51	NC_010467	A	6	6	2452	2457	100 %	0 %	0 %	0 %	170016276
52	NC_010467	T	6	6	2458	2463	0 %	100 %	0 %	0 %	170016276
53	NC_010467	A	6	6	2475	2480	100 %	0 %	0 %	0 %	170016276
54	NC_010467	AT	3	6	2487	2492	50 %	50 %	0 %	0 %	170016276
55	NC_010467	AT	3	6	2502	2507	50 %	50 %	0 %	0 %	170016276
56	NC_010467	TAT	2	6	2520	2525	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170016276
57	NC_010467	CATAAA	2	12	2533	2544	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	170016276
58	NC_010467	GAT	2	6	2570	2575	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170016276
59	NC_010467	T	6	6	2595	2600	0 %	100 %	0 %	0 %	170016276
60	NC_010467	TTC	2	6	2653	2658	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170016276
61	NC_010467	AT	3	6	2697	2702	50 %	50 %	0 %	0 %	170016276
62	NC_010467	ATT	2	6	2728	2733	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170016276
63	NC_010467	TTG	2	6	2793	2798	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170016276
64	NC_010467	AGA	2	6	2803	2808	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170016276
65	NC_010467	TAATAG	2	12	2809	2820	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	170016276
66	NC_010467	TA	3	6	2937	2942	50 %	50 %	0 %	0 %	170016276
67	NC_010467	TAT	2	6	2966	2971	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170016276
68	NC_010467	GATAT	2	10	3028	3037	40 %	40 %	20 %	0 %	170016276
69	NC_010467	AAT	2	6	4044	4049	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170016277
70	NC_010467	CTTT	2	8	4063	4070	0 %	75 %	0 %	25 %	170016277
71	NC_010467	TTTTCT	2	12	4077	4088	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	170016277
72	NC_010467	AATT	2	8	4136	4143	50 %	50 %	0 %	0 %	170016277
73	NC_010467	GTT	2	6	4147	4152	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170016277
74	NC_010467	TAA	2	6	4175	4180	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170016277
75	NC_010467	TCTTTT	2	12	4194	4205	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	170016277
76	NC_010467	TTTA	2	8	4253	4260	25 %	75 %	0 %	0 %	170016277
77	NC_010467	TGT	2	6	4272	4277	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170016277
78	NC_010467	TGG	2	6	4338	4343	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	170016277
79	NC_010467	TCA	2	6	4368	4373	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170016277
80	NC_010467	GTT	2	6	4425	4430	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170016277
81	NC_010467	CTA	2	6	5393	5398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170016278
82	NC_010467	AAC	2	6	5408	5413	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170016278
83	NC_010467	GAAA	2	8	5414	5421	75 %	0 %	25 %	0 %	170016278
84	NC_010467	A	6	6	5419	5424	100 %	0 %	0 %	0 %	170016278
85	NC_010467	A	6	6	5496	5501	100 %	0 %	0 %	0 %	170016278
86	NC_010467	TAT	2	6	5539	5544	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170016278
87	NC_010467	ATC	2	6	5560	5565	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170016278
88	NC_010467	TGA	2	6	5582	5587	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170016278
89	NC_010467	TAA	2	6	5631	5636	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170016278
90	NC_010467	ATTG	2	8	5652	5659	25 %	50 %	25 %	0 %	170016278
91	NC_010467	AGT	2	6	5688	5693	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170016278
92	NC_010467	TATT	2	8	5744	5751	25 %	75 %	0 %	0 %	170016278
93	NC_010467	GTT	2	6	5800	5805	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170016278
94	NC_010467	TCC	2	6	5832	5837	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170016278
95	NC_010467	ACA	2	6	5885	5890	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170016278
96	NC_010467	ATA	2	6	5902	5907	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170016278
97	NC_010467	T	6	6	5938	5943	0 %	100 %	0 %	0 %	170016278
98	NC_010467	ATATT	2	10	5962	5971	40 %	60 %	0 %	0 %	170016278
99	NC_010467	ACT	2	6	6197	6202	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170016279
100	NC_010467	TCA	2	6	6252	6257	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170016279
101	NC_010467	ATT	2	6	6260	6265	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170016279
102	NC_010467	CTC	2	6	6274	6279	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170016279
103	NC_010467	TA	3	6	6346	6351	50 %	50 %	0 %	0 %	170016279
104	NC_010467	GTT	2	6	6361	6366	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170016279
105	NC_010467	ACAA	2	8	6384	6391	75 %	0 %	0 %	25 %	170016279
106	NC_010467	TA	3	6	6424	6429	50 %	50 %	0 %	0 %	170016279
107	NC_010467	AT	3	6	6457	6462	50 %	50 %	0 %	0 %	170016279
108	NC_010467	T	6	6	6511	6516	0 %	100 %	0 %	0 %	170016279
109	NC_010467	CAAT	2	8	6553	6560	50 %	25 %	0 %	25 %	170016279
110	NC_010467	TCC	2	6	6567	6572	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170016279
111	NC_010467	TTG	2	6	6603	6608	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170016279
112	NC_010467	CT	3	6	6725	6730	0 %	50 %	0 %	50 %	170016279
113	NC_010467	A	6	6	7140	7145	100 %	0 %	0 %	0 %	170016280
114	NC_010467	GAAA	2	8	7185	7192	75 %	0 %	25 %	0 %	170016280
115	NC_010467	ATTGA	2	10	7203	7212	40 %	40 %	20 %	0 %	170016280
116	NC_010467	TTA	2	6	7213	7218	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170016280
117	NC_010467	GTG	2	6	7335	7340	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	170016280
118	NC_010467	GTT	2	6	7413	7418	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170016280
119	NC_010467	T	7	7	7417	7423	0 %	100 %	0 %	0 %	170016280
120	NC_010467	AT	3	6	7454	7459	50 %	50 %	0 %	0 %	170016280
121	NC_010467	ATA	2	6	7474	7479	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170016280
122	NC_010467	AAT	2	6	7505	7510	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170016280
123	NC_010467	AAT	3	9	7553	7561	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170016280
124	NC_010467	A	6	6	7594	7599	100 %	0 %	0 %	0 %	170016280
125	NC_010467	GTC	2	6	7629	7634	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170016280
126	NC_010467	ATA	2	6	7635	7640	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170016280
127	NC_010467	A	6	6	7667	7672	100 %	0 %	0 %	0 %	170016280
128	NC_010467	ATG	2	6	7678	7683	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170016280
129	NC_010467	AAT	2	6	7684	7689	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170016280
130	NC_010467	T	8	8	8141	8148	0 %	100 %	0 %	0 %	170016281
131	NC_010467	TCAAC	2	10	8161	8170	40 %	20 %	0 %	40 %	170016281
132	NC_010467	T	7	7	8489	8495	0 %	100 %	0 %	0 %	170016282
133	NC_010467	TAT	2	6	8623	8628	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170016282
134	NC_010467	GAT	2	6	8639	8644	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170016282
135	NC_010467	AAGTT	2	10	8658	8667	40 %	40 %	20 %	0 %	170016282
136	NC_010467	GTTGAT	2	12	8675	8686	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	170016282
137	NC_010467	AAT	2	6	8687	8692	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170016282
138	NC_010467	CAA	2	6	8693	8698	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170016282
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268	NC_010467	AGC	2	6	15286	15291	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170016290
269	NC_010467	T	6	6	15504	15509	0 %	100 %	0 %	0 %	170016290
270	NC_010467	TCC	2	6	15569	15574	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170016291
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272	NC_010467	GCTT	2	8	15650	15657	0 %	50 %	25 %	25 %	170016291
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300	NC_010467	GA	3	6	17627	17632	50 %	0 %	50 %	0 %	170016293
301	NC_010467	ATTA	2	8	17691	17698	50 %	50 %	0 %	0 %	170016293

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.